故事要从1962年说起，美国国防部和其下属高级计划署秘密成立了一支特殊部队，名为“黑色守望”；其成立初衷是使用生化战抵御美国的一切威胁以及海外敌对势力，该部队一切行动都属于绝密。1963年，黑色守望的研究人员发现了一种病毒，在灵长类动物身上进行的实验表明，通过DNA的融合，该病毒可以在基因层面上大大提高物种的智力、力量等等身体要素，他们将该病毒命名为DX-1118。随后，以该病毒为中心的“黑光”计划展开。
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游戏的主角Alex Mercer因被自己带出来的病毒感染，从停尸间醒来之后发现完全不知道之前做了些什么，然而突变的同时也获得了超乎常人的强大能力。
当主角杀死路人或敌人时便可以吸收他们的记忆、能力，甚至能变成他们的样子。随着吸收被杀死敌人以及路人的数量不断增加，主人公Mercer的能力也会随之逐渐增强。最终将能够学会诸如将自己的身体变化成武器攻击或是硬化身体表面皮肤以抵御敌人进攻等神奇的能力。
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《虐杀原形2》故事发生在20世纪60年代的纽约，冷战时期美国军方秘密研制病毒武器并投入使用，在一次失败的实验后军方对这种武器产生了恐惧并决定将其销毁，而第一代的主角Alex却妄想凭借这种武器统治城市。主角James在被Alex注射病毒变异后却慢慢发现了他的阴谋，故而决定毁灭所有的变异体包括自己。
